背靠八仙岭，面向船湾淡水湖，位于大埔洞梓的慈山寺占地五万平方米，由香港中文大学建筑学院教授何培斌担任建筑设计及造像顾问。慈山寺分为中区主佛殿区、东区观音圣像区及西区僧寮区，佛殿区起自山门，与弥勒殿和大雄宝殿均坐落于中轴线上。
何培斌表示，慈山寺的建筑特色是力求延续中国佛寺传统之庄严，并融合现代建筑科技。
慈山寺建筑布局，依中轴线展开，轴线上依次为山门、弥勒殿、大雄宝殿。
慈山寺山门悬有两幅由国学大师饶宗颐所题的“入解脱门”及“不二法门”的匾额；门的两旁则各有一金刚力士。
过了山门，后有一个庭园叫“欢喜地”，位于弥勒殿前。弥勒殿两旁有钟楼和鼓楼，迎接佛门高僧及举行法会时击钟鸣鼓。钟楼下是地藏殿，供奉楠木制作的地藏菩萨圣像，殿内两侧挂上据称是李嘉诚最喜欢的禅门对联：“即有之空一法不立，即空之有万法全彰”。
